焙烤食品中微生物指标不一定回导致食用者生病。《食品安全国家标准 糕点、面包》《食品安全国家标准 饼干》和《食品安全国家标准 食品中致病菌限量》中提到的微生物指标分为两类，一类是卫生指示菌：菌落总数、大肠菌群、霉菌；另一类是致病菌：金黄色葡萄球菌、沙门氏菌。
菌落总数是指在一定条件下每克（或每毫升）检样所生长出来的微生物菌落总数。大肠菌群是指在一定培养条件下能够发酵乳糖、产酸产气的需氧或兼性厌氧的一类革兰氏阴性无芽孢杆菌，可用于判断受到粪便污染的可能性。菌落总数和大肠菌群在食品卫生上用以指示食品在生产过程中的受污染程度，可以间接反映出食品生产、经营环节卫生状况的优劣，对于控制食品致病微生物污染是很好的参考指标，但不能直接反映出不合格产品导致人群健康问题的风险程度。
金黄色葡萄球菌、沙门氏菌等致病菌指标则是直接反映食品中某种致病菌的污染程度，食用致病菌超标的食品发生腹泻等疾病的危险性很高，但是否生病还要看实际摄入量和个人身体状况等因素。
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